SCI新手成长策略

  • nieminone
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本文针对SCI新手!
任何技能的学习,都得经过模仿、操练、实践、总结经验体会、改进后再实践的过程。SCI论文写作技能也是如此!

要进行模仿和操练,就必须要目的明确。首先找本领域最高级别的期刊,找3-5篇文献仔细阅读。阅读要带有目的性,告诉自己,这些东西是我写文章要用的。先把文章弄懂,然后自己记下可能用得到的句式、语态、词汇、句子间连词的用法。例如:在摘要中如何总结工作,Introduction中如何介绍相关工作,如何写实验操作步骤,如何分析图表,如何做统计分析,如何写结论部分。当带着模仿目的去读文献时,才会学到一点东西。

学到上述基本的东西之后,就可以开始操练了。SCI文章毕竟不是文学作品,对于语言和写作技巧的要求并不是特别高,研究工作创新点才是最根本的东西。

只强调一点,要带着目的去读高档次的文章,想想如果研究工作是我做的,我会这么谋篇布局,找差距,才会有进步!

1、先看题目:
Small-Molecule Inhibition of BRDT for Male Contraception
论文题目要求有2个:简洁、包括全部重要信息。
题目中抓人眼球的就是男性避孕,而且还是小分子,这样就比较吸引人,另外体会一下此处介词的用法。

2、再看summary

SUMMARY
A pharmacologic approach to male contraception remains a longstanding challenge in medicine. Toward this objective, we explored the spermatogenic effects of a selective small-molecule inhibitor (JQ1) of the bromodomain and extraterminal (BET) subfamily of epigenetic reader proteins. Here, we report potent inhibition of the testis-specific member BRDT, which is essential for chromatin remodeling during spermatogenesis. Biochemical and crystallographic studies confirm that occupancy of the BRDT acetyl-lysine binding pocket by JQ1 prevents recognition of acetylated histone H4. Treatment of mice with JQ1 reduced seminiferous tubule area, testis size, and spermatozoa number and motility without affecting hormone levels. Although JQ1-treated males mate normally, inhibitory effects of JQ1 evident at the spermatocyte and round spermatid stages cause a complete and reversible contraceptive effect. These data establish a new contraceptive that can cross the blood:testis boundary and inhibit
bromodomain activity during spermatogenesis, providing a lead compound targeting the male germ cell for contraception.

摘要部分一般介绍研究目标、工作内容、研究结果及研究意义。

A pharmacologic approach to male contraception remains a longstanding challenge in medicine. Toward this objective, we explored the spermatogenic effects of a selective small-molecule inhibitor (JQ1) of the bromodomain and extraterminal (BET) subfamily of epigenetic reader proteins.
这2句话就介绍了研究目标和具体的工作内容。
**注意第一句中remains a longstanding challenge in的说法,在某领域长期以来存在的挑战,这些都是自己可能用得上的用法。

第2句中explore的用法也值得借鉴。

后面几句介绍研究结果。
Here, we report potent inhibition of the testis-specific member BRDT, which is essential for chromatin remodeling during spermatogenesis.
here,有时我们也用in the paper。
这句是常见的用法。
需要指出的是。上面的2句话都有we作主语,这说明现代论文写作已经彻底抛弃了大量被动语态的风格。

在早期论文写作中,为了体现论文的客观性,避免作者的主观性,论文写作中都大量采用被动语态的写法。70年代之后,这种写法就已经被抛弃,回归以人为本。研究工作的重点是研究思路,为什么要采用这种方法,为什么要进行部分的方法修正。这些都需要主动语态。

所以大家写作中还是要大胆地使用主动语态!!

Biochemical and crystallographic studies confirm that occupancy of the BRDT acetyl-lysine binding pocket by JQ1 prevents recognition of acetylated histone H4.

这句的写法有点意思,如果是我写,我一般就会写JQ1占据了结合位点 and 阻止了识别作用,虽然也没错,但是还真没有原句准确。
将中文转换成英文的过程中,对主语的选择非常体现水平。

Treatment of mice with JQ1 reduced seminiferous tubule area, testis size, and spermatozoa number and motility without affecting hormone levels.
这句看似平淡无奇,如果是我来写,我肯定写成了在用JQ1处理之后,大鼠诱导了····;
可能后面的without用法一般人也不会用。
其实without在论文写作中经常遇到,比方我们说某种物质在产生某种正面作用的时候,也不会产生负面作用;初级写作者往往用while doing;其实这里用without正好!

最后看看最后一句,研究意义的阐述方法
These data establish a new contraceptive that can cross the blood:testis boundary and inhibit bromodomain activity during spermatogenesis, providing a lead compound targeting the male germ cell for contraception.

These data establish a new contraceptive that 这种用法大家都用得着,以及后面的providing的用法。

上面是写给SCI新手看的,如果您是高手,看过轻拍后可以飘走。

作为一般的读者我们就了解了,研究内容是一种小分子的男用避孕药。按照摘要中内容,读者自会提出相关的问题:
1、作为药物,药物分子对给药方式很重要,小分子,这对给药很重要,算研究工作的优势和创新之处;
2、作为抑制精子的药物,必须是可逆的;如果抑制作用不可逆,那就成了阉割药了;
3、该药物影响范围不能太大,必须有选择性,不能影响性发育,尤其是影响荷尔蒙水平。
根据以上思考,第1点是文章的基本内容。后面2点是作者必须重点解释清楚的内容,如果作者解释不清楚,这2点在编辑那里就通不过,哈哈。看看后面的内容,选择性和可逆性都用了超过2页多的篇幅和多张图片来力证。

先看introduction,这部分内容体现作者的水平,对研究领域的掌控,引言部分写好了,和后面的讨论相呼应;此外引言的范围也需要作者掌控好。
作为sci新手,一定要写好引文部分,如果你忘记引用某位研究人员的工作,或者期刊引用错误,都是大忌。因为都是圈内人士,你少引,多引,吹牛,大家心里都明镜似的,或许某位reviewer就是因为你没引用他的相关文章,心里不爽啊。尤其是投高档期刊一定要注意这点。
老实说,我给期刊审查文章时,我是重点看introduction,因为这里最难写。

Although ~4% of the mammalian genome encodes genes expressed in male germ cells during spermatogenesis (Schultz et al., 2003), contraceptive drugs for men have remained elusive. To date, the only drugs in clinical trials are testosterone analogs
that alter endogenous androgen production, although there is a short list of other possible targets (e.g., GAPDHS) and drugs (e.g., gamendazole) (Aitken et al., 2008). This lack of contraceptive alternatives for men is partially responsible for the high rate
of unplanned pregnancies, especially in teenagers, and contributes to the maternal mortality, ethical, social, and financial costs associated with abortions and deliveries to single mothers. To approach this dearth of contraceptive alternatives for men, we
have undertaken to develop small molecules that could target spermatogenic-specific proteins that have been shown to be essential for both spermatogenesis and fertility in mammals. One such contraceptive target is the testis-specific and bromodomain-
containing protein BRDT.

第一段都免不了俗套,讲诉本研究工作的意义,常见套路都是:与本研究有关的工作和研究成果很少见,本研究很nb,工作有创新。下面仔细分析第一段,作者如何吹牛,使用了什么词汇和句式。

Although ~4% of the mammalian genome encodes genes expressed in male germ cells during spermatogenesis (Schultz et al., 2003), contraceptive drugs for men have remained elusive.
第一句中有2个地方值得提出,一个是~4% 是科技论文中常用的,~相当于about的意思;第2个地方是have remained elusive,男用避孕药还没找到,还不清楚。

这句我们也用得着啊,赶快拿出小笔记本记下。这是吹牛神句啊:如果你要表示前人在某研究领域还是一穷二白(have remained elusive),而你的研究工作则开创了新局面(providing a lead compound targeting the male germ
cell for contraception. 摘要部分最后一句)。

这位作者很牛叉,继续引经据典,鄙视一下前人的工作,看下一句。
To date, the only drugs in clinical trials are testosterone analogs
that alter endogenous androgen production, although there is a short list of other possible targets (e.g., GAPDHS) and drugs (e.g., gamendazole) (Aitken et al., 2008).

To date的用法较常见,sci新手也用得着啊。

然后,作者还不忘继续从思想层面上分析一下,为什么前人的工作这么水呢?
原来是因为有一些工作在技术层面上还没搞定,看看作者是怎么表述的。

This lack of contraceptive alternatives for men is partially responsible for the high rate
of unplanned pregnancies, especially in teenagers, and contributes to the maternal mortality, ethical, social, and financial costs associated with abortions and deliveries to single mothers.

This lack of这种用法也是很常见的,你绝对用得着,lack这个词比较奇怪,大家可以仔细查查。此外is  responsible for 和contributes to的用法也很常见。记住副词partially、especially的用法,初学者要特别注意副词和连词的用法。
注意后面的deliveries是名词,不是动词第三人称形式。

后面2句话正式开始吹牛

To approach this dearth of contraceptive alternatives for men, we
have undertaken to develop small molecules that could target spermatogenic-specific proteins that have been shown to be essential for both spermatogenesis and fertility in mammals. One such contraceptive target is the testis-specific and bromodomain-
containing protein BRDT.

To approach this dearth of contraceptive alternatives for men, 为了解决缺乏男性避孕方法的困境,To approach,值得拿出小笔记本记下来。
我们紧接着看看后面的写法,连用2个定于从句,说实话,这句话一般人真写不来啊。
To approach this dearth of contraceptive alternatives for men, develop small molecules that could target spermatogenic-specific proteins that have been shown to be essential for both spermatogenesis and fertility in mammals.

一般思路:为了(to …),因为spermatogenic-specific protein是生成精子必须的,所以我们针对这种蛋白质设计了一种小分子药物。

用1个从句:为了(to …),我们develop small molecules to target spermatogenic-specific proteins that (从句).

再要提升就是原句的用2个从句了。
写英文句子的时候,不能按照自己的中文表达意思来组织英文句子。
而是应该按照句子成分逻辑结构,组织句子,例如上面的小分子可以作为develop的宾语,还可以作为target的主语,而后面蛋白质可以作为target的宾语,还可以作为另一份内容的主语,然后一环套一环,来组织语言。
当然不是说句子越复杂越好,如果能准确、表达清楚地表达意思,当然是用简单句最好。但是当你遇到不好组织语言的时候,往往是要借助从句的用法的。

这种抛弃中文原句外形,按照句子成分、逻辑结构来组织英文句子的方法会使得您的英文写作提升一个层次。
大家都曾经学过各种从句,也都能看懂从句,但是在实际的写作中要运用好从句,就要理解从句的本质,从句是修饰关系,实质是逻辑关系。
例如:状语从句中,修饰部分为后面句子的状语,定语从句的修饰关系,在形式上也是逻辑关系。
中国人一般对逻辑关系还是比较敏感的,利用逻辑关系来组织英文句子。

因为这点对于SCI新手来说比较重要,所以我多说几句。
这就好比做数学应用题。
读小学5年级的时候,经常会做各种复杂关系的应用题,解题过程就是倒推,用括号和各种算式写出所求结果的表达式;这种求解过程的确很伤人。
等我们到了初中的时候,我们学了函数,学了方程组,我们再回过头来看这种应用题,我们都会很坦然,觉得很简单。

当您掌握了函数和方程组的思想方法,再复杂的应用题都手到擒拿。

我们写英文句子的时候也是如此,当你掌握从句修饰关系的本质是逻辑关系的时候,然后将这种思想积极主动地运用在英文句子结构组织的过程中,各种所谓的难句子,都会比较简单。

这种深刻理解“从句修饰关系的本质是逻辑关系”的思想,就是应对数学应用题的函数方法和方程组思想,SCI新手们,好好体会,并在实际写作中加以灵活运用,你会感到英文写作其实没那么难。

上面吹完牛了,紧接着就必须讲清楚自己的研究思路。
科研的任务就是探索本质和解决问题,所以研究论文中的思路是很重要的,说大白话,就是讲清楚你是如何想到采用何种方法来做你的研究工作的,一般思路就是基于一些前人研究内容,以及自己的研究内容,具备了探索某种本质或解决某个问题的可能性,所以我产生了某个思路。
此处解决问题的思路就是创新点。introduction的重点就在于讲清楚自己的研究思路,而不是简单地罗列相关的研究内容。

我们看看这篇文章的研究思路是如何展开的。
首先是前面已经讲过的introduction第一段,作者关注到男性避孕药的研究几乎是空白。
然后下面一段非常重要,相当体现作者的水平。我们重点看introduction第2段的最后2句:
Genetic studies of BRDT have demonstrated that selective deletion of the BRDT(1)-encoding region is sufficient to confer sterility in homozygous hypomorphic male mice (Shang et al., 2007), and a recently published genome-wide association study of idiopathic male infertility identified single-nucleotide polymorphisms of BRDT as significantly associated with oligozoospermia or azoospermia in European men (Aston et al., 2010). These insights establish a compelling rationale to target BRDT for a contraceptive effect.
前面一句是和并列复合句,讲个2层意思。
第1层意思:遗传学研究表明选择性删除BRDT(1)编码区可以导致不育。
第2层意思:先天男性不育疾病的全基因组关联研究确认了BRDT的单核苷酸多态性和欧洲男性的少精子症和无精子症显著相关。
其中值得新手学习的英文:have demonstrated that,confer(体会和attribute to 的不同),identified ,as significantly associated with(显著相关),以及并列复合句的写法。

本人也不是这方面的专家,查询了一下。和我一样不懂的,可以看看这里。
关于SNP与GWAS(Genome Wide Association study)的一些想法
http://www.dxy.cn/bbs/topic/16400551
在这里感谢丁香园的lorry_zgf。

再看后面一句,这句是关键。These insights establish a compelling rationale to target BRDT for a contraceptive effect.
这些观点为将BRDT作为男性避孕目标物提供了一种compelling思路。
说实话,这位作者的思维还是很跳跃的,
解释一下:因为BRDT和男性不育关系非常密切,所以就可以把这个基因作为男性避孕药的作用靶标。
这就是人家的研究的起点和作者的基本想法,上述文献也是为了说明作者的研究思路而引用的,而不是仅仅简单地罗列相关的研究工作。
These insights establish a compelling rationale to target BRDT for a contraceptive effect.
这句话值得拿出小笔记本记下!!

这点想法还是很多人都有的,但是具体怎么做。这就要看作者本人的研究基础了,下面作者会介绍自己的研究基础,然后提出实现上述想法的方法,这样的话,思路那是非常清楚。
我有想法,我有基础,所以我就这么做了。这就是整个introduction的思路。
再看introduction第三段:
Recently, we established the feasibility of targeting human bromodomains with acetyl-lysine competitive small molecules (Filippakopoulos et al., 2010).
首先我们形成了一种用acetyl-lysine重复小分子来作用于human bromodomain的方法。
然后紧接着讲诉JQ1对BRDT的 抑制作用。

再看introduction第四段:
作者紧接着详细介绍这种抑制效果,a dose- and time-dependent inhibitory effect (注意这种用法)
complete and reversible contraceptive effect in males without adversely affecting testosterone levels or mating behaviors and without prompting obvious teratogenic effects in offspring.
注意此处2个without连用,用and连接的用法。

看introduction第四段最后一句
These results indicate that targeting a developmental epigenetic reader protein with
an orally bioavailable small molecule can modulate male fertility for a contraceptive effect.

正是基于这种抑制效果,所以就可能提供这种口服的男性避孕小分子药物。
到了这里,作者的思路可谓是水到渠成!

看了上面的introduction,对于一般的SCI新手来说,我们该如何来写呢?
在现实中,大家都是为了职称、学位来发表文章,关注研究手段,研究方法和研究内容,往往忽略了研究项目的本身。哪里是前沿热点,哪些是新方法,我也来研究一下,弄点大项目。
03年非典之后,国内某个研究所,本来研究植物病毒的,都改到研究非典病毒了,申请了很多项目。其中差别老大了,都是为了项目和钱。

让我们再来回顾一下科研的任务:科研的任务就是探索本质和解决问题,科研需要对真相的渴求和对未解问题的思考,这本是非常需要热情的工作,可惜都让国人做成了项目,少了思考,只剩模仿和操练。

研究工作的难点在于创新,有了创新,就会有好思路。

很多人的研究工作只是选用了新的研究材料,或者方法稍加改进、甚至是无意义的重复,文中关于研究思路的介绍也只能说,关于这方面的研究很少,所以我做了。这样讲真的很苍白。

很多人说,说了半天,还是不解决问题。咱不能做愤青,只抱怨,不提出解决问题的方案。

现实中,项目是由老师定的,受限于研究基础和试验手段,如何找创新点呢?

1、不要为有限的实验手段自卑,如果你能讲清楚你的研究思路,而且你的研究方法能够解决你的问题,这样就足够了。

2、要从3个方面的整理自己的思路,寻找创新点。
首先要想,自己的研究工作可以解决什么问题,其次总结与自己研究工作和要解决的问题相关的前人工作,自己相关的研究基础,最后是提出自己解决问题的方法。

3、按照上面的方法,就算你的工作没有创新点,如果你解决了前人没有做过的问题,体现了你的思考,这本身也是创新点。

introduction说完了。此处重点阐述了行文思路。
下面再说说文章的整体结构组织,如果大家留心一下,低档的sci杂志论文都是按照摘要、引言、试验(材料和方法)、结果与讨论,这种行文组织方法就好比八股文,严重束缚了研究思路的体现,不客气的说,就是一个试验报告。
当然上述观点可能有些偏颇,肯定是不对的,仅为一家之言,大家轻拍。

研究论文应该是,我为了搞清楚、解决某个问题,我考察了相关的前人研究成果,根据我自己的研究基础,我提出了相关的解决方案,然后详细证实该解决方案。
好的论文应该是一个故事,告诉人家我做了什么事情,我为什么要这么做;让其它研究人员也相信:如果是他遇到这样的问题,如果他有相关的研究基础,他也能这样做,也能得到这么好的研究结果。
所以论文应该按照研究思路来写,要用你的思路加上研究方法来说服读者,而不是仅仅只是依靠研究方法。
如果SCI新手在行文中能够掌握这点,就能立马将论文整体提升一个档次!!

抛开introduction和讨论部分,我们看看本文的行文思路。

先讲JQ1对BRDT的作用:
Molecular Recognition of BRDT by JQ1
然后介绍JQ1能够作为药物的基础研究:
Testis Bioavailability of JQ1;JQ1 Impairs Sperm Count and Motility

然后分2部分介绍JQ1对BRDT作用具有选择性:
JQ1 Selectively Targets Male Germ Cells without
Affecting Hormone Levels

Molecular Analysis of the Germ Cell Defects
in JQ1-Treated Testes
后面一部分算细胞生物学研究,这点对于在cell上发表是必须的。

然后介绍JQ1对BRDT作用是可逆的,不是阉割药,是避孕药,因为这点很重要,作者用了大量的篇幅来加以说明。

这些内容都是证明JQ1可以作为男用避孕药必不可少的部分,都是为了说服编辑和读者,层层递进,思路清晰,证据充分。

这就是合理的行文思路,如果按照试验(材料和方法)、结果与讨论的行文思路,就会严重束缚作者的思路,影响论文的说服力,就会整成研究背景+试验报告,文章立马下降N个档次。

为了强调,对于这2种行文方式,可以举个例子再进一步说明一下。
如果要介绍2人的恋爱经历。
男人来介绍,一般会按照,第一次见面、第一次牵手、第一次拥抱、第一次接吻、第一次….的形式来介绍;
如果是女人来介绍,女人一般心理会很清楚,见面初印象,啥时记住男生、啥时被男生打动,啥时被男生吸引,啥时全面了解男生、啥时深深爱上男生、啥时全心投入,真实过程会按照上面的心理感受来介绍。

上面2种方式来说,显然后者更能反映真实的情感历程,体现个体感受。孰优孰劣,一目了然。

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