根据方中明老师的博文((谈谈科学研究中论文撰写和发表》整理
在当今学术界，撰写并发表论文是科学研究中最重要的一个环节，如果你做出的实验结果没有通过会议论文或者学术期刊发表出来，那你差不多等于做了无用功，更通俗的说做出的东西没有实现它对于社会的价值，无异于垃圾一堆，也浪费了自己的时间和精力。
1论文撰写
- 1前论文撰写阶段
在一线工作的科学工作者尤其是研究生往往有这样一个误区:他们认为论文撰写和发表是所有实验工作都做完之后的事，不用考虑太早。
实际上，“论文撰写”从你一开始接手和进入你的课题就应该考虑的事情，哪怕开始时你什么都不懂得。大概了解你的研究课题后，你首先要对你研究的内容和它的可能取得的成果有个定位，即它处在所研究领域的学术界的哪个等级，确定这一点需要你对这个领域有着比较深入的了解。如果你是一个项目主持者，这个过程和经验应该很清楚，否则你是一个失败的科学工作者。
对于初入学术领域的研究生们看，如果要定位你的研究水平，就要去关注领域内的大牛并大量阅读他们的文章，然后你就会对你的研究有个较为清醒的认识。
学术研究中，如果是个人设计课题，要以创新为原则，即你要做研究别人没有研究过的学术问题，这个分为理论新和实验对象新，如果你要做的课题没有创新性，就没有必要做下去，因为做别人已经做的工作，不会得到学术界的认可。
对自己的研究有较为清醒的认识后，理解起导师的课题或者提出有益的补充就会很得心应手，对于正确和高效率的实验操作也是有益的，实际上这些都是“撰写论文”的开始，虽然未动笔，但是腹稿和以后论文中的闪光点就在这不断的思考中积累起来了。而且如果你了解了领域内相关的学术期刊(SCI或EI刊源)，就很能对自己课题可能取得的成果选定到某些合适的学术期刊发表，这是对自己研究的清晰的定位。当然在这个过程中如果培养自己的一些好习惯，对于以后写论文就很有帮助，比如阅读论文时记笔记(要精练不要照抄翻译)，有好的想法和思考就写出来，这是一个逐步提高你的思考能力和学术观点的重要方式，只有这样才能写出真正学术价值的学术论文。
实验过程中，要每天详细记录实验过程和结果，每周都把当周的实验整理成word和ppt的形式，及时总结失败原因以利于进一步实验，整理成功的成果，把它们做成类似于你要发表期刊要求的图片和表格的形式，这也是论文写作的一部分。人的记忆力是有限的，而且很容易记错，如果实验结果堆积起来长期不整理分析，课题的进行无异于无头的苍蝇，很容易搞乱，没有整理起来的结果也会化为乌有。
做了这些工作就相当于你自己设计了整个课题以及实验过程，那么对于其中的亮点和不足就了然于胸，这是一篇学术论文的核心。
- 2论文撰写
课题实验结束后，就进入论文撰写的实质性部分。
大部分论文分为title ,abstract ,introduction ,materials and methods ,results和discussion六部分组成，也有很多期刊把results和discussion两部分合并为一个部分一“results and discussion”，就是边展示和分析自己的实验结果边讨论。
选定要投稿的杂志(课题初期就要选定好自己要投稿的杂志)后，按照杂志要求的格式撰写，具体要求可见期刊的官方网站首页“to the authors “。
一般先写results结果的选择以能完全的系统的展示你的研究并很好佐证你的学术观点为准则，然后再根据得到这些结果所涉及到的实验写materials and methods。完成这些后，就是关键部分了一discussion的写作，首先用两到三句话总结一下你的整个研究(不要很A}嗦的写一大段)，然后就是你平时笔记和思考的亮点发挥用武之地的时候了，评价和你工作相关的他人的工作并予以比较分析，陈述分析你所研究的学术问题并陈述你解决的细节和不足，最后就是高瞻远瞩的展望环节了，豪言壮语写几句，要学术又让人深思和心潮澎湃，令人回味。
这些部分写完后，introduction就是有的放矢了，好的introduction的逻辑结构和思路是倒金字塔形状的，开始介绍你的研究相关的部分(要大而全)，然后慢慢收拢收拢再收拢，直到恰到好处的在这些诱导下提出你的研究，这部分就大功告成了。这其中的水到渠成的衔接是要一定的功底的，和discussion部分一样，写出来都要仔细打磨修改。
之后进入摘要写作的部分，字数要按照期刊要求控制，一般结构是第1, 2句话陈述研究背景，三四句引到你的研究，然后展示你的研究方法和研究结果，最后评价你的研究。
只有当以上所有部分都写作完成了，题目才能比较好的确定，题目要简介醒目切中你的研究核心，达到这个要求后越诙谐个性越能获得他人的关注。当然一般好的文章未到发表都难以最后敲定。
整篇文章写出来后也只是个草稿，比如放一放隔几天或者半个月再看就会有很多要修改的地方。
2论文的发表过程
首先对学术期刊的好坏水平有个简单的认识。Thomson Reuters Web of Knowledge收录了全球大部分的学术期刊。Thomson Reuters给各个学术期刊每年赋予一个数字指数一影响因子(impact factor)来评价它们的影响力，影响力数据每年都是更新和变化的。但是这些期刊的排名一般是很少变动，对于某一个领域的学术期刊也是这样。
根据自己的研究成果来选择合适的水平相当的期刊发表是一个很重要的环节，如果你选择的期刊影响力较高，你的论文投稿过去就很容易被拒稿，从而浪费你的时间和精力;如果选择的期刊影响力较低，那你的研究就不容易被别人关注到，有点屈才。
对在职人员来说，单位将论文发表的水平与你的学术成绩和职称评定甚至工资福利挂钩。对研究生来说，论文发表的水平对你以后学术道路也有影响。选好目标期刊后，投稿要从高到低来，即先往好的期刊投，在编辑和审稿人返回审稿意见后，尽量修改澄清和补充实验，满足其要求直到发表。如果由于某些原因再依次换到其他较低水平的期刊投稿。切记:不要一稿多投，即投了一个期刊没有撤稿或者没有被拒稿的情况下，不要把论文投往其他学术期刊。一稿多投是学术职业道德所不允许的。
投稿的稿件一般包括cover letter, manuscript和figures and tables三部分。cover letter是写给期刊编辑，主要是客套的介绍你的论文，表达你要把你的论文投到他们期刊的意愿。每个期刊都有多名编辑，他们分别负责各个领域的研究，选择相关而又合适的编辑也很重要。Manuscript就是你的论文的文本部分，图片和表格往往独立的成其他的文件。现代网络发达，投稿都是通过期刊的在线投稿平台投稿，注册账户后，在投稿栏目里，按照引到一一上传cover letter ,manuscript和figures and tables就可以了。
投稿完成后，在你的帐户的所投稿件栏里面会显示你的论文的状态，包括:new submission, Editor assigned, under review以及rejected和accept多个状态。
如果进入editor assigned和under review就成功了一大半，表明论文已由编辑发往相关审稿人，过了编辑的审阅大关。快的期刊几天后就会返回审稿人的意见，慢的半个月到一个月甚至两个月，审稿人的意见一般就决定了编辑的决定，是拒还是接受你的论文的发表。审稿人把关论文质量，他在欣赏论文的同时提出批判，如果赞赏多于批判就会接受论文，如果论文档次不够或者存在严重缺陷就会被拒绝。
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